Bactérie : micro-organisme unicellulaire dépourvu de chlorophylle et visible uniquement au microscope. Les bactéries sont des éléments qui n'appartiennent ni au règne végétal, ni au règne animal.

Bactérie commensale : la peau et les muqueuses sont en permanence colonisées par des bactéries commensales qui n'occasionnent pas de maladie, sauf si le sujet se fragilise.

Bactérie multi résistante : une bactérie est dite multirésistante aux antibiotiques lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elle n’est plus sensible qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

Bêta lactamase à spectre étendu : les bêta-lactamases sont une famille d'enzymes responsables de la résistance des bactéries vis-à-vis de certains antibiotiques comme la pénicilline.

Biochimie : science qui étudie la corrélation entre la structure des molécules naturelles et les conséquences sur leur activité.

Biologie moléculaire : technique qui permet de détecter une bactérie, un virus, une levure, un parasite ou un biomarqueur par la présence de séquences génétiques d'ADN ou d'ARN dans un échantillon.

Biomarqueur / marqueur : tout indicateur (acide nucléique, enzyme, métabolite ou autres types de molécules : histamine, hormone, protéine, etc.) présent dans l’organisme ou excrété par lui, comme réponse biologique à un état physiologique ou pathologique. Un biomarqueur est susceptible de permettre d’identifier la présence, l’effet et/ou la mesure de phénomènes particuliers, tels que :
   • la détection rapide ou précoce d’une maladie, avant les premiers symptômes,
   • la progression d’une maladie,
   • l’impact d’un médicament, d’un traitement.

Dénombrement : comptage du nombre de micro-organismes (bactéries ou levures) présents dans un échantillon.

Diagnostic in vitro : analyses réalisées hors du corps humain, à partir d'un échantillon biologique : urine, sang, etc.

Diagnostic in vivo : examens ou recherches réalisés sur un organisme vivant.

Enzyme : macromolécule protéique qui accélère une réaction biochimique.

Embolie pulmonaire : obstruction du système artériel irriguant le poumon par un caillot circulant dans le sang.

Endotoxine : substance située dans la membrane externe de certaines bactéries à Gram négatif, pouvant provoquer de fortes fièvres. 

Entérobactéries : famille de bacilles (bactéries) mis en évidence par la coloration Gram négative, de nature aérobie et anaérobie (nécessitant ou pas d'oxygène pour vivre et se reproduire).

Entérocoque : bactérie de forme ovale appartenant à la famille des streptocoques du groupe D, résidant habituellement dans l'intestin de l'homme non malade.

Extraction : désigne les étapes qui permettent d’extraire les acides nucléiques des cellules qui les contiennent et de les rendre utilisables par les techniques de biologie moléculaire comme l’amplification.

Fongique : relatif aux champignons.

Génotypage : détermination de l'ensemble des gènes contenus dans les cellules d'un organisme.

Gram : technique de coloration qui permet de mettre en évidence les propriétés de la paroi bactérienne et d'utiliser ces propriétés pour distinguer et classifier les bactéries. On parle de bactéries gram positives ou bactéries gram négatives.

Hémoculture : examen de laboratoire utilisé pour détecter une infection sanguine. Il consiste en un prélèvement de sang veineux, qui est ensuite mis en culture afin de mettre en évidence la présence ou l'absence de micro-organismes pathogènes.

Histologie : étude des tissus qui a pour but d’explorer la composition, la structure, le renouvellement des tissus, ainsi que les échanges cellulaires en leur sein.

HLA : de l’anglais Human Leucocyte Antigens - Antigènes d’histocompatibilité dont le rôle est essentiel dans la tolérance des transplantations d'organes et qui sont spécifiques à un individu donné.

Immunoessai : test de diagnostic basé sur une réaction antigène/anticorps permettant la détection d’agents infectieux (bactéries, virus, parasites) et de marqueurs pathogènes.

Indicateur de qualité : terme utilisé en agroalimentaire pour définir les micro-organismes responsables d’altérations visuelles ou gustatives (ex : moisissure ou contamination bactérienne). Le comptage des indicateurs de qualité permet d’apprécier l’hygiène d’un produit.

Infection nosocomiale / Infection liée aux soins : Infection contractée à l’hôpital ou dans un établissement de soins par un patient qui n’en était pas atteint lors de son admission, et en relation directe avec les soins pratiqués.

Insuffisance rénale aiguë (IRA) : Défaillance brutale de la fonction rénale qui se développe sous 7 jours. Il s’agit d’un vaste syndrome clinique englobant diverses étiologies, notamment des maladies rénales spécifiques, pouvant survenir dans la communauté, ainsi que dans les hôpitaux et les unités de soins intensifs. 

IVD : abréviation de diagnostic in vitro.

Listeria : genre bactérien qui peut provoquer la listériose, maladie infectieuse potentiellement grave chez les nouveau-nés, les femmes enceintes ou les sujets faiblement résistants.

Marqueur : élément qui permet de détecter la substance sur laquelle il est fixé. Un marqueur biologique (bio-marqueur) est une substance qui, une fois dosée, peut aider au diagnostic d’une pathologie.

Méthicilline : pénicilline semi-synthétique essentiellement utilisée contre le staphylocoque doré non résistant.

Microbiologie : étude des micro-organismes. Dans le domaine du diagnostic in vitro : mise en culture d’échantillons biologiques, alimentaires ou pharmaceutiques dans un milieu permettant aux bactéries éventuellement présentes de se multiplier. Les bactéries font ensuite l’objet de tests d’identification et, dans certains cas, de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme).

Micro-organisme : organisme vivant de taille microscopique.

Milieux de culture : composition nutritive, simple ou composée, sous forme liquide ou solide, utilisée pour maintenir ou accroître le développement d'une espèce microbienne dans des conditions biologiques adéquates.

Multiplex : capacité à transmettre sur un seul support physique de nombreuses données.

Mycobactéries : bactéries de type bacilles fins. Certaines espèces de mycobactéries sont pathogènes : M. leprae responsable de la lèpre ; M. tuberculosis, responsable de la tuberculose.

Nosocomiale : maladie contractée à l’hôpital ou dans un établissement de soins, par un malade qui n’en était pas atteint lors de son admission.

Oncologie : ou cancérologie est la spécialité médicale d'étude, de diagnostic et de traitement des cancers.

Parasite : organisme vivant qui se nourrit, s'abrite ou se reproduit en établissant une interaction durable avec un autre organisme (l'hôte).

Pathogène : micro-organisme qui provoque ou peut potentiellement provoquer une maladie infectieuse.

PCR (Polymerase Chain Reaction) : l'amplification en chaîne par polymérase est une méthode de biologie moléculaire d'amplification génique in vitro. Elle permet de dupliquer en grande quantité (avec un facteur de multiplication de l'ordre du milliard), une séquence d'ADN ou d'ARN connue, à partir d'une faible quantité initiale. Il s'agit d'une méthode particulièrement adaptée pour détecter la présence de virus. 

POC (point of care) - POCT (point of care testing) : services offerts au chevet du patient, incluant en particulier les analyses de diagnostic.

Polyarthrite rhumatoïde : plus fréquent des rhumatismes inflammatoires chroniques, dont l'origine n'est pas connue avec précision mais qui appartient à une variété de maladies, dites auto-immunes (le malade fabrique des anticorps contre ses propres tissus).

Polymères fonctionnalisés : macromolécules, organiques ou inorganiques, constituées de l'enchaînement répété d'un même motif, sur laquelle sont greffés des groupements chimiques destinés à donner à cette macromolécule, une fonction particulière.

Procalcitonine (PCT) : marqueur de l'hôte, précoce et spécifique d'infection bactérienne. Il est utile pour une prescription adaptée des antibiotiques. 

Protéine : élément de base de toutes cellules vivantes. Une macromolécule biologique composée par une ou plusieurs chaine(s) d’acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques.

Protéine recombinante de phage :  protéine de queue de bactériophage obtenue par process biotechnologique. Bactériophages : virus très spécifiques qui infectent exclusivement les bactéries. Ils sont utilisés pour capturer les bactéries de façon ciblée et les isoler à partir d’un échantillon.

Résistance aux antibiotiques : capacité naturelle d'un micro-organisme à résister aux effets des antibiotiques : la prise d’un antibiotique crée une pression de sélection sur les bactéries, éliminant les bactéries sensibles à l’antibiotique et sélectionnant les bactéries résistantes qui vont se multiplier. 

SARM : bactérie de type Staphylococccus aureus résistante à la méthicilline.

Sepsis : infection grave de l’organisme se caractérisant par la présence dans le sang de bactéries, champignons, virus ou parasites et associée à une réaction inflammatoire immunitaire du patient (réponse de l'hôte face au pathogène) provoquant une détérioration rapide de l'état général du patient avec éventuellement des défaillances d'organes. 

Septicémie : infection générale grave de l'organisme par des germes pathogènes qui se manifeste par la présence de micro-organismes dans le sang.

Sequençage de l'ADN : détermination de l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d'ADN donné.

Spectrométrie de masse : technique analytique permettant d'identifier les molécules et de caractériser leur structure chimique, par l’analyse de la masse et de la charge de leurs ions.

Staphylocoque : genre bactérien gram positif, se présentant le plus souvent en amas sous forme de grappe.

Substrat : molécule utilisée comme produit de départ, qui, après s'être liée au site actif d'une enzyme, est transformée en un ou plusieurs produits.

Syndrome coronarien aigu : diminution du calibre des artères coronaires qui réduit le débit sanguin et induit un défaut d’oxygénation du muscle myocardique.

Théranostic : association d’un test diagnostique à une thérapeutique, à la base d’une médecine personnalisée.

Thrombose veineuse : formation d’un caillot de sang dans un vaisseau sanguin. Elle survient généralement dans une veine des membres inférieurs, au niveau de la jambe ou de la hanche, rarement au niveau des membres supérieurs.

Typage : méthode pouvant aider à l’évaluation de la compatibilité entre deux individus, leurs organes, tissus ou leurs sangs. Technique utilisée pour caractériser les bactéries.