Diagnostic et préparation biologique : comment le monde peut-il améliorer la réponse à la prochaine crise infectieuse ? 

Selon Matt Scullion, vice-président Ventes et Marketing pour BioFire Defense chez bioMérieux, « la préparation à la menace biologique est une notion globale. Il s'agit de la capacité à identifier les nouvelles maladies infectieuses ou réémergentes pour y répondre de manière rapide et efficace. » Ce sont les mesures et les stratégies anticipatives mises en place par les gouvernements, les professionnels et autres organisations et les communautés pour se préparer et répondre aux menaces et aux urgences biologiques. Ces menaces peuvent être des flambées naturelles de maladies infectieuses, des incidents bioterroristes et d'autres crises de santé publique. La préparation à la menace biologique est essentielle pour préserver la santé publique et la sécurité nationale car elle permet de minimiser l'impact des urgences biologiques et d'améliorer la capacité à réagir rapidement et efficacement pour protéger le bien-être des personnes et des communautés.

Dans le contexte du diagnostic, Matt Scullion explique que la préparation à la menace biologique signifie « pouvoir diagnostiquer rapidement une épidémie ou une situation critique afin de pouvoir l'endiguer. » Il est important de comprendre les facteurs qui contribuent au développement et à la propagation des maladies infectieuses, les différents outils de diagnostic et leurs performances, la manière dont le diagnostic facilite la réponse aux maladies infectieuses et les multiples défis à relever pour améliorer la préparation à la menace biologique à l'échelle mondiale.

Au cours des dernières décennies, le monde a été confronté à de nombreuses épidémies de maladies infectieuses dont le grand public n'avait jamais eu connaissance et qui ont même surpris les spécialistes : Ebola en 2014, Zika en 2015, SARS-CoV-2 en 2019 par exemple. Matt Scullion note également que « certaines maladies ne sont pas très médiatisées aux États-Unis ou en Europe occidentale parce qu’elles ne touchent pas directement ces populations... mais toutes ces maladies sont rendues proches avec l'avion, tout peut donc se déplacer rapidement. »

Les outils diagnostiques sont indispensables dans la préparation à la menace biologique pour plusieurs raisons essentielles. Tout d'abord, ils permettent d'identifier rapidement les agents pathogènes responsables chez les différents patients. Des outils diagnostiques rapides et précis permettent de confiner et de traiter rapidement les personnes touchées, réduisant ainsi la propagation des infections. Cela est particulièrement important pour les maladies virulentes mortelles comme Ebola, qui se propage facilement et dont le taux de mortalité moyen est d'environ 50 %. Mais même pour les maladies à virulence et mortalité faibles, le diagnostic joue un rôle important dans la gestion et la réduction de la charge de la maladie pour les patients pris séparément et pour la société dans son ensemble.

Par ailleurs, les outils diagnostiques sont des éléments cruciaux pour une surveillance précise et le contrôle en aidant les autorités à détecter les épidémies ou les clusters potentiels avant qu'ils ne prennent trop d'ampleur. Les outils de diagnostic sont également essentiels pour suivre les évènements infectieux pour contribuer aux réponses de santé publique et à l'attribution efficaces des ressources, (fournitures médicales, traitements et vaccins). Les diagnostics nous informent alors de l’efficacité des interventions. En résumé, les diagnostics sont des outils essentiels et la pierre angulaire d'une stratégie de préparation biologique proactive, permettant de sauver des vies et de minimiser les conséquences des urgences biologiques.

Bien que le diagnostic soit essentiel à la préparation à la menace biologique, Matt Scullion note que des événements comme la pandémie de SARS-CoV-2 présentent des difficultés particulières : en effet, « si vous développez un diagnostic pour une menace nouvelle, vous êtes déjà en retard par rapport à l'épidémie ou à la nouvelle maladie. » Dans ce contexte, il devient essentiel de relever les défis dans des domaines comme la recherche et le développement, la fabrication, la distribution et l'utilisation.
 

En ce qui concerne la recherche et le développement, il est difficile de prévoir le type de pathogènes qui apparaîtront et l'endroit où ils apparaîtront. Par définition, les nouveaux pathogènes n'ont pas encore infecté l'homme ; par conséquent, les informations les concernant peuvent être limitées, voire inexistantes, au cours des premières phases d'une épidémie. Le manque d'informations sur les nouveaux pathogènes complique la mise au point d'outils diagnostiques par anticipation ou la rend même impossible. Cependant, Matt Scullion précise que « le séquençage rapide est devenu si courant et si facilement accessible que l'identification de ces agents pathogènes intervient généralement dans les semaines qui suivent l'apparition d'une nouvelle maladie infectieuse, en particulier si elle se propage rapidement. » L'accès aux données peut toutefois rester difficile, notamment pour les pathogènes extrêmement dangereux comme Ebola qui nécessitent des laboratoires spéciaux et des précautions particulières, mais il est essentiel pour développer des tests précis pour les nouvelles souches. 

Dans le cadre du développement d'un test de diagnostic, il est absolument nécessaire de le tester avec des échantillons réels pour le valider. Mais cela peut s'avérer difficile ou extrêmement compliqué sans un accès préalable à des échantillons de patients, à des biobanques appropriées ou à des environnements cliniques proches - en particulier lorsqu'une situation d'urgence est déclarée et que de tels dispositifs deviennent excessivement complexes ou lents. L'absence d'accès à des échantillons cliniques bien caractérisés est devenue l'un des principaux obstacles ou l'une des principales étapes limitant la vitesse de développement ou de validation de tests diagnostiques importants en cas de crise infectieuse.

Des pénuries d'approvisionnement en composants essentiels peuvent freiner la fabrication des tests diagnostiques, comme lors de la pandémie de COVID-19. Dans certains cas, les sociétés peuvent prendre des mesures pour intégrer verticalement certaines parties de leur chaîne logistique, ce qui leur permet une meilleure maîtrise des ressources nécessaires à la fabrication des tests diagnostiques. « Historiquement, nous avons conservé des stocks excédentaires pour ce que nous appelons des « stocks de sécurité » » explique Matt Scullion, « c'est-à-dire des stocks suffisants pour traverser une période normale et faire face aux perturbations de la chaîne logistique ou aux contraintes saisonnières éventuelles. Le COVID nous a rendus plus sensibles à cet aspect. Cela nous a incités à mettre en place nos propres processus pour devenir plus indépendants et plus autonomes, sans dépendre d'autres fabricants pour nous approvisionner. »

L'éventail des exigences réglementaires constitue également un gros problème pour les fabricants car elles sont souvent propres à une région, complexes et coûteuses. Pour autant, l'agrément réglementaire reste indispensable.

Enfin, les professionnels de santé et le personnel de laboratoire doivent utiliser correctement les tests diagnostiques, ce qui implique de les former, de contrôler la qualité de leur travail et de les soutenir.

Un enjeu essentiel qui a d'importantes répercussions sur la préparation à la menace biologique est le cycle « panique et négligence » du financement public, où des ressources sont investies pendant et juste après une flambée mais tendent à se tarir une fois que la menace immédiate s'est éloignée. L'absence d'investissements cohérents de toutes les parties concernées dans le monde complique l'amélioration de la préparation à la menace biologique à long terme. Le développement d'outils diagnostiques ne fait pas exception à la règle. Cependant, si nous parvenons à rompre le cycle « panique et négligence » et à nous concentrer sur les investissements dans les infrastructures de santé publique qui contribuent à la sécurité sanitaire mondiale, nous pourrons être mieux préparés à faire face aux futures flambées de maladies infectieuses.

Dans cette optique, bioMérieux collabore avec des partenaires et des parties prenantes pour développer des outils diagnostiques qui identifient non seulement les pathogènes courants chez l'homme mais aussi ceux qui ont été identifiés comme des menaces potentielles. On peut prendre les exemples de la grippe et des coronavirus, qui sont tous deux des catégories de virus extrêmement importantes : certaines souches ont un impact sur l'homme, d'autres n'en ont pas mais sont susceptibles d'en avoir. De plus, bioMérieux établit des liens étroits et des accords préétablis avec les principaux hôpitaux, laboratoires et unités cliniques afin d'obtenir rapidement, efficacement et en toute conformité des échantillons critiques ou l'accès à des biobanques vitales pour la création et la validation de tests, si une crise infectieuse est identifiée.

En plus du développement de nouveaux outils diagnostiques, l'adoption des technologies numériques peut faciliter une meilleure utilisation des données, ce qui peut orienter les stratégies de lutte contre les infections. Ces technologies peuvent également servir à créer des tableaux de bord accessibles afin de tenir le public informé et de lui fournir les connaissances dont il a besoin pour contribuer positivement à la réponse de santé publique.

Enfin, la garantie d'un accès équitable au diagnostic est une priorité. Environ 47 % de la population mondiale n'a qu'un accès limité aux outils diagnostiques, voire aucun accès, ce qui est un problème majeur en raison du rôle décisif joué par le diagnostic dans la lutte contre les maladies infectieuses. Il n'existe pas de solution unique à ce problème ; au contraire, des changements seront impératifs dans différents domaines pour améliorer significativement l'accès au diagnostic.

Le diagnostic est capital pour la santé publique et pour notre capacité à lutter contre les maladies infectieuses, donc pour la préparation à la menace biologique. La poursuite des investissements et de l'innovation dans le domaine du diagnostic est primordiale pour la mise en place d'une infrastructure durable soutenant la préparation à la menace biologique afin que le monde puisse améliorer sa réponse lors de la prochaine crise infectieuse.