Les innovations en laboratoire donnent aux cliniciens les moyens de lutter contre l'antibiorésistance

La rapidité de réaction est décisive lors de la prise en charge de patients présentant une suspicion de maladie infectieuse mais les méthodes faisant appel à des cultures posent souvent problème car leur délai d'exécution est plus long. Cela signifie que des antibiothérapies empiriques peuvent être mises en place sur la base d'hypothèses médicales initiales, prolongeant ainsi la résistance si un antibiotique a été mal utilisé. Les laboratoires de microbiologie pourraient-ils participer à un changement d'habitude des professionnels de la santé qui utilisent des antibiotiques à large spectre de première ligne comme solution de repli ?

Le docteur Jim Dunn, directeur de la microbiologie et de la virologie médicale au Centre hospitalier pour enfants du Texas (États-Unis), est convaincu qu'un laboratoire doit être équipé pour « fournir les informations permettant [aux cliniciens] d'adapter l'antibiothérapie en fonction du patient et, avec un peu d'espoir, que cela réduise avec le temps l'utilisation de ces antibiotiques à large spectre empiriques. »

Durant les dernières décennies, des progrès majeurs des technologies de laboratoire ont permis d'améliorer considérablement la compréhension et la gestion de l'antibiorésistance. Les diagnostics basés sur la culture restent une méthode de référence estimée, en particulier pour les pays à revenus faibles et intermédiaires où l'accès aux ressources est limité. Ces méthodes fournissent des résultats fiables mais peuvent être chronophages et demander beaucoup de travail.

Dans les pays aux revenus plus élevés, des plates-formes commerciales automatisées sont utilisées pour améliorer le délai d'obtention des résultats et l'efficacité des laboratoires. Des antibiogrammes automatisés aident à réduire le délai d'identification des agents microbiens et de détection des mécanismes de résistance. Les laboratoires de microbiologie équipés de systèmes automatisés peuvent maintenant fournir des résultats à partir de la croissance de colonies bactériennes et des résultats directs à partir d'échantillons, notamment de sang, de liquide céphalo-rachidien, de selles et d'échantillons respiratoires et ce en quelques heures plutôt qu'en quelques jours. Cette rapidité d’exécution permet aux cliniciens de personnaliser le traitement plus rapidement et de réduire l'usage inutile d'antibiotiques.

Des technologies plus perfectionnées comme les diagnostics moléculaires sont également apparues ces dernières années. Par exemple, la réaction en chaîne par polymérase multiplex (PCR) peut fournir en peu de temps de multiples réponses à partir d'une seule hémoculture, ciblant la bactérie responsable de la maladie d'un patient et identifiant les gènes antibiorésistants. Le résultat de certaines applications étant disponible en environ 15 minutes à une heure, cela suggère que les laboratoires pourraient améliorer leur productivité et potentiellement réduire les coûts avec la technologie PCR.

Dzoara Lugo, responsable de l'épidémiologie et de la lutte contre les infections à Christus Muguerza au Mexique, souligne que l'intérêt de solutions de diagnostic comme la PCR va au-delà de l'intérêt pour les patients. « L'identification des mécanismes de résistance des différents microorganismes est très importante pour améliorer les résultats cliniques des patients mais aussi pour identifier la façon dont [ils] se comportent, où les microorganismes apparaissent, comment se propage cette résistance et s'il y a une épidémie » explique Madame Lugo.

Au-delà de l'adoption croissante de technologies comme la PCR, d'autres solutions de diagnostic inhabituelles et prometteuses sont également développées pour aider à faire face à l'apparition et à la réapparition de certaines maladies infectieuses, telles que le séquençage du génome entier (SGE) qui peut détecter et prévoir l'antibiorésistance dans les microorganismes. Certaines techniques de séquençage du génome entier utilisent la technologie des nanopores pour analyser les molécules d'ADN, ce qui permet d'identifier les communautés microbiennes et les déterminants d'antibiorésistance. Le séquençage de nouvelle génération a rendu le séquençage du génome entier plus rapide et plus intéressant économiquement, ce qui permet une prise en charge du patient plus rapide. Cette technologie peut identifier les pathogènes à haut risque directement à partir d'échantillons cliniques, sans recours aux méthodes de culture traditionnelles. 

Les progrès en matière de technologie de diagnostic entraînent un besoin et des possibilités accrus de collaboration entre le laboratoire et le clinicien. Un technicien de laboratoire peut fournir un savoir-faire dans la passation de la commande du bon test et assurer une interprétation correcte, ce qui a été qualifié de bonne gestion du diagnostic. 

La bonne gestion du diagnostic vise à améliorer les délais de commande, de collecte, de traitement et de comptes rendus des tests de diagnostic pour améliorer la prise en charge des patients et ralentir la progression de l'antibiorésistance. L'évolution de la technologie de laboratoire appliquée à la lutte contre l'antibiorésistance a été un aspect crucial de la résolution de ce problème de santé mondiale et continuera à jouer un rôle important au fil du temps.

La collaboration est essentielle à l'innovation, qu'il s'agisse de technologie, de personnes ou de processus, et lorsqu'il s'agit de l'amélioration du bon usage des antibiotiques dans les systèmes de santé, tout le monde a un rôle à jouer. Tout comme la bonne gestion du diagnostic, le bon usage des antibiotiques est axé sur de meilleurs résultats pour les patients. L'intégration de la bonne gestion du diagnostic de la part du laboratoire et du bon usage des antibiotiques sur le plan clinique favorise la bonne interprétation qui aboutit à la bonne antibiothérapie. Le bon usage des antibiotiques ne concerne cependant pas que les professionnels de la santé et nécessite l'engagement des chercheurs, des responsables des orientations politiques et même du patient. 

The battle against AMR is rooted in the laboratory where technicians are arming clinicians with the tools and shared information they need for faster and more accurate diagnoses that can lead to more effective prescribing and better patient care. Dr. Linoj Samuel, division head of clinical microbiology, Henry Ford Health, in the United States confirms, “Our ultimate goal is not just improving time to result but showing that time to result translates to meaningful changes and improvements in patient care and outcomes.” As we continue to innovate and collaborate, we move closer to a world where AMR no longer poses a critical threat to global health.